O setor de Projetos da Missão Paz é responsável por planejar, desenvolver e acompanhar propostas que visam alocar recursos em áreas de interesse da instituição em prol da comunidade migrante e refugiada assistida por ela. Por se tratar de uma área transversal, sua atuação é integrada aos demais setores da Missão Paz, buscando sempre identificar e atender criativamente suas diferentes demandas.

O setor também realiza parcerias com empresas, universidades, organizações da sociedade civil nacionais e internacionais, grupos ativistas, entre outros. A atuação de Projetos inclui a organização de propostas para editais e o acompanhamento de subsídios recebidos pela Missão Paz, além de análise crítica das práticas e políticas institucionais.